มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นมหาวิทยาลัยสงฆ์แห่งคณะสงฆ์ไทยที่พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ ทรงสถาปนาขึ้น เมื่อปี พ.ศ.๒๔๓๐ ณ วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ เพื่อเป็นสถาบันการศึกษาพระไตรปิฎกและวิชาชั้นสูงสำหรับพระภิกษุสามเณรและคฤหัสถ์ พระราชทานนามว่า “มหาธาตุวิทยาลัย” และได้เปิดดำเนินการศึกษาเมื่อวันที่ ๘ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๓๒ เพื่อสืบสานพระราชปณิธานพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ด้านการพัฒนาบุคลากรของประเทศให้มีความรู้ ความเข้าใจ สามารถนำมาประยุกต์ใช้ในชีวิตประจำวัน มีความสามารถในการรักษา และเผยแผ่พระพุทธศาสนาให้มีความมั่นคงยิ่งขึ้น พระพิมลธรรม (ช้อย ฐานทัตตมหาเถร) อธิบดีสงฆ์วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ ในสมัยนั้น จึงได้ประชุมพระเถรานุเถระฝ่ายมหานิกาย จำนวน ๕๗ รูป เมื่อวันที่ ๙ มกราคม พ.ศ.๒๔๙๐ และประกาศให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ดำเนินการจัดการศึกษาพระไตรปิฎกและวิชาชั้นสูงในระดับมหาวิทยาลัย เปิดสอนระดับปริญญาตรี คณะพุทธศาสตร์เป็นคณะแรกเมื่อวันที่ ๑๘ กรกฎาคม พ.ศ.๒๔๙๐ และมีพัฒนาการตามลำดับ ดังนี้

• พ.ศ.๒๕๐๐ ปรับเปลี่ยนระบบการวัดผลมาเป็นระบบหน่วยกิต กำหนดให้นิสิตต้องศึกษาอย่างน้อย ๑๒๖ หน่วยกิต และปฏิบัติศาสนกิจ ๑ ปีก่อนรับปริญญาบัตร
• พ.ศ.๒๕๐๕ เปิดสอนคณะครุศาสตร์
• พ.ศ.๒๕๐๖ เปิดสอนหลักสูตรแผนกอบรมครูศาสนศึกษา ระดับประกาศนียบัตรและเปิดสอน คณะเอเซียอาคเณย์และเปลี่ยนเป็นคณะมานุษยสงเคราะห์ศาสตร์เมื่อ พ.ศ. ๒๕๑๖
• พ.ศ.๒๕๑๒ ปรับหลักสูตรแผนกอบรมครูศาสนศึกษาเป็นวิทยาลัยครูศาสนศึกษา และปรับเปลี่ยนหน่วยกิตเป็น ๒๐๐ หน่วยกิต การจัดการเรียนการสอนช่วง ๒ ทศวรรษแรก ยังไม่ได้รับการสนับสนุนจากคณะสงฆ์และรัฐเท่าที่ควร ทำให้ประสบปัญหาด้านสถานะของมหาวิทยาลัย และงบประมาณเป็นอย่างมาก แต่ก็สามารถจัดการศึกษามาได้อย่างต่อเนื่อง
• พ.ศ.๒๕๑๒ คณะสงฆ์โดยมหาเถรสมาคม ได้ออกคำสั่งมหาเถรสมาคม เรื่องการศึกษาของมหาวิทยาลัย พ.ศ.๒๕๑๒ และเรื่องการศึกษาของสงฆ์ พ.ศ.๒๕๑๒ คำสั่งทั้ง ๒ ฉบับ ส่งผลให้มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีสถานะเป็นสถาบันการศึกษาของคณะสงฆ์ไทยโดยสมบูรณ์
• พ.ศ.๒๕๒๑ เริ่มขยายการจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษาไปยังส่วนภูมิภาค เริ่มจัดตั้งวิทยาเขตขึ้นทุกภูมิภาคของประเทศไทย
• พ.ศ.๒๕๒๖ มหาวิทยาลัยได้ปรับปรุงโครงสร้างหลักสูตรระดับปริญญาตรีใหม่ โดยลดจำนวนหน่วยกิตจาก ๒๐๐ หน่วยกิต ให้เหลือเพียง ๑๕๐ หน่วยกิต และปรับปรุงระบบการบริหารวิชาการใหม่ โดยแบ่งออก เป็น ๔ คณะ คือ คณะพุทธศาสตร์ คณะครุศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์ และคณะสังคมศาสตร์
• พ.ศ.๒๕๒๗ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้ทรงลงพระปรมาภิไธย ประกาศใช้พะราชบัญญัติกำหนดวิทยฐานะผู้สำเร็จวิชาการพระพุทธศาสนา พ.ศ.๒๕๒๗ เป็นกฎหมายตั้งแต่วันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๗ เป็นต้นมา มีผลทำให้ผู้สำเร็จการศึกษาจากมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยมีศักดิ์และสิทธิแห่งปริญญา เช่นเดียวกับผู้สำเร็จการศึกษาในระดับเดียวกันจากสถาบันการศึกษาอื่น ๆ ที่รัฐให้การรับรอง